U endodontického ošetření (viz endodontické ošetření) je zcela nezbytné přesně identifikovat počet a pozici všech zubních kanálků. To bohužel lidským okem není v mnoha případech možné a takový zub by byl odsouzen k extrakci (vytrhnutí), proto si dnešní moderní stomatologie pomáhá speciálními mikroskopickými přístroji. Takové zvětšení umožňuje mnohem lepší a preciznější zobrazení kanálků i jejich následné opracování a může zachránit zub před nevyhnutelným.
Nevýhodou tohoto ošetření je časová náročnost, nutnost speciálního vybavení a z toho vyplývající vyšší ceny zákroku oproti běžné endodoncii. Proto je ošetření pod mikroskopem z pravidla indikováno u komplikovanějších případů, opakovaných endodontických ošetření (Re-Endodoncie), či u pacientů kteří vyžadují precizní zákrok s nejlepším možným výsledkem.